“党锢之祸”是东汉后期统治阶级内部宦官、外戚两派长期斗争的产物。
外戚当权，即杀戮和罢免一大批宦官，而提拔重用他们的同党；反之，宦官掌权，则大杀外戚集团，罢免和压制外党。
桓帝时，一批比较正直的士家豪族和“名士”出身的封建官僚，联合3万多太学生，一起反对宦官集团。
宦官则近水楼台控制了桓帝，捏造对手罪状进行反击，桓帝不得不下令逮捕了李膺、陈实、杜密等200余人，并对逃亡者悬赏追捕。这就是发生于延熹九年的第一次“党锢之祸”。
后来，由于外戚集团的支持，桓帝下令开赦李膺等200人。
不久，外戚与党人联合起来计议诛杀宦官，泄秘后反被宦官先发制人，阴谋陷害，将李膺、杜密等200余人一并下狱处死。
之后，宦官为斩草除根，又在全国各地陆续逮捕“党人”。
灵帝建宁元年，下诏各州郡查究“党人”，凡“党人”及其门生、故吏、父子、兄弟现居官位者，一概免职禁锢，这就是所谓第二次“党锢之祸”。
所谓“党锢”，也就是视为“党人”而予以禁锢，绝其仕进之路，永远不许为官。
郑玄曾为杜密故吏，又曾受杜密的赏识与提携，所以也被视为“党人”，于建宁四年和同郡孙嵩等40余人俱被禁锢。这一年，郑玄才45岁。
郑玄被禁锢后，绝了仕进之路，便杜门不出，隐修经业，集中全部精力来进行遍注群经的工作。郑学的主要成就，都是在这一时期完成的。
汉代经学有今、古文之分。
秦始皇焚书后，汉代有一些老儒生凭记忆背诵出来一些经文，用当时通行的文字记录并整理出来，叫做“今文经”。西汉成、哀之时，刘向、刘歆父子校理秘书，发现了一部用古籀文字书写的《春秋左氏传》，再加上由孔壁所得的《逸礼》、《古文尚书》，和当时尚未立于学官的《毛诗》，便成了古文经的主要经典。
研习今文经的，叫“今文学派”，修读古文经的，叫“古文学派”。
今、古文经不仅经文有所不同，更重要的是其解说和观点差异甚大。
两派各按自己的观点注经立说并收徒讲学，渐成水火不容之势，以至于发展到相互指责、论辩，相攻如仇的地步。
后来，古文经也被立于学官，取得了合法的地位，两派的斗争更加经常并激烈了。
到东汉时，今、古文经并行，古文学派的影响迅速扩大。
郑玄进入经学界，正是处于今、古文学派激烈斗争之时。
今、古文经学派的相互攻击，在本质上并没有什么进步意义，虽然两派都各有一些长处。
经学讲究“师法”和“家法”：严守经师之说毫不走样，叫做师法；同一经师的不同学生又各自为家，故师法之下又讲家法，在遵从师法的前提下才能成一家之言。所以，师法是追溯渊源的，家法是对师说的引伸与发展。
如此“疏不破注”，叠床架屋，致使一经就有数家，一家又有若干说，各讲各的一套，谬误百出，使后学者不知所从。繁琐、支离、教条，成了经学的突出弊病。
郑玄起初从第五元先学习《京氏易》、《公羊春秋》，是属于今文经学派的。
后来他又跟张恭祖学习《周官》、《左氏春秋》、《古文尚书》，这是属于古文经学派的。可见他并不专守一师之说，尊一家之言，而是博学多师，兼收并蓄。
他在马融门下受业多年，而马融乃是古文经学大师，总的来看，他是倾向于古文经学一边的。但是，郑玄并不遵守当时经学