建功立业。以后曾、左都成为功勋赫赫的名臣，他总以自己当年的“力促”为荣。劝他人出山，他自己当然也难甘寂寞，随后几年，郭嵩焘一直随曾国藩参赞军务，多有建树。同时在官场中建立了一定的关系网。1856年年末，他离湘北上，到京城任翰林院编修。
在京城，郭嵩焘深得权柄赫赫的户部尚书肃顺的赏识。肃顺性情刚严，以敢于任事著称，主张以严刑峻法改变当时吏治腐败的状况，屡兴大狱，唯严是尚，排除异己，但由于他深得咸丰皇帝倚重，其他人对他是敢怒不敢言。与其他满族权贵猜忌、排挤汉人不同，肃顺主张重用汉族官僚，对以曾国藩为首的湘系，他尤其重视。由于肃顺的推举，郭嵩焘在不长的时间内就蒙咸丰皇帝数次召见，自然受宠若惊。咸丰皇帝对他的识见也颇赏识，命他入直南书房。南书房实际是皇帝的私人咨询机关，入直南书房就意味着可以经常见到皇帝，参奏军国大事。咸丰皇帝还进一步对他说：“南斋司笔墨事却无多，然所以命汝入南斋，却不在办笔墨，多读有用书，勉力为有用人，他日仍当出办军务。”
不久，咸丰皇帝就派他到天津前线随僧格林沁帮办防务。1859初，郭嵩焘来到天津僧格林沁处。但僧格林沁这位蒙古王爷根本不把郭嵩焘这位南方书生放在眼中，对他非常冷淡。而郭嵩焘本就文人气十足，再加上自己是皇帝亲派，并且明确他与僧格林沁是“平行”，不是“随同效用”，所以也咽不下这口气，因此两人合作极不愉快。1860年元月，郭嵩焘被迫离开山东返京，悲叹“虚费两月搜讨之功”，“忍苦耐劳，尽成一梦”。
回京后，他受到“降二级调用”的处分，虽仍回南书房，但实际已是闲人，被冷落一旁。他在给曾国藩的信中报怨说：“久与诸贵人周旋，语言进退，动辄生咎。”
素有识人之明的曾国藩早在岳麓书院读书时就指出郭嵩焘识见过人，但书生习气过重，能著书立说，更是出主意的“高参”，却不堪官场的“繁剧”。曾国藩在评价肃顺屡兴大狱、以严刑峻法整顿吏治时说得很清楚：“国家致弊之由，在以例文相涂饰，而事皆内溃；非宽之失，颟顸之失也。”“今一切以为宽而以严治之，究所举发者，仍然例文之涂饰也，于所事之利病原委与所以救弊者未尝讲也。是以诏狱日繁而锢弊滋甚。”“向者之宽与今日之严，其为颟顸一也。颟顸而宽犹足养和平以为维系人心之本，颟顸而出之以严，而弊不可胜言矣。”“故某以为省繁刑而崇实政为今日之急务”。也就是说，根本原因在于“一切以为宽”，即吏制本身存在巨大缺漏，使各级官吏有机可乘，时时面对巨大的利益诱惑；而“向者之宽”，即吏治早已废弛松懈，在这种环境中能长期抵挡巨大利益诱惑、洁身自好者毕竟不多，因此造成了“无官不贪”的局面。在这种情况下，突然使用重典严惩，打击的贪官污吏再多其实也只是少数，反使各级官员人人自危，这不仅不能从根本上解决问题，而且“锢弊滋甚”，很可能祸及自身。解决问题的根本之途在于“崇实政”，即对制度本身进行改革，这样才能既“省繁刑”，又使政治清明，国家稳定（放到后世用现代的语言来讲，就是说政府面对的是自身的“系统性腐败”。所谓系统性腐败是指只有以腐败作为润滑剂，政府部门才能提供“正常”的公共服务。在这种系统性腐败中，腐败实际已经成为官员行事的常例，成为他们的一种生存手段，久而久之内化为一种不会引起内心道德冲突和愧疚感的规范，而不同流合污者必然受到系统性排斥，这反过来使腐败更加严重、更加猖厥、更加根深蒂固。退一步说，在系统性腐败中即便是得到“圣上”的支持，严肃处理个别贪官也无济于事，因为仅仅是孤立地处理一个又一个贪官，并不能遏制日益严重的系统性腐败，更不能从根本上清除腐败）。