当歧亭城内的吕仲肃和戚昕率领守军打退了一千隋军锐卒的突袭，却听到了杨素已率四只五牙巨舰突破了三道铁链封锁，正在驶过歧亭一带江面，向下游驶去的消息。
两人情知如放杨素率领的隋军舰队顺利通过歧亭江域，进入大江中游，对南陈沿江防线将造成致命的打击，他二人势必受到极其严厉的处罚。
在此危急关头，吕仲肃明智地交出了南陈水军的指挥权，请求戚昕率领歧亭水军的数百只青龙战船拔锚启程，不惜一切代价也要将隋朝水军拦截在大江上游。而吕仲肃本人则吸取了戚昕狼尾滩之败的教训，亲率麾下的陆军兵马在大江北岸严阵以待，准备迎击来犯的隋陆军兵马。
戚昕本是后梁国中数一数二的水军大将，极擅率领水军作战。他从吕仲肃接过南陈水军的最高指挥权，率领停泊于歧亭附近码头的青龙战船出港迎敌时，杨素亲率的四只先锋五牙巨舰已经通过了歧亭江面。
戚昕见此情形，果断地命令南陈水军以一半的兵力、战船横插敌后，切断隋军先锋和其舰队主力的联络，尔后亲率另一半的战船对四只五牙巨舰展开了围攻，意欲全歼隋军先锋。
杨素本人就在第二只五牙巨舰上，眼见歧亭的南陈水军出动数百只青龙战船围攻了上来，当即传令先锋各舰，尽量避免使用弓箭射杀敌船上的军士，专一使用拍竿击沉对方的战船，震慑南陈水军的军心。
四只先锋五牙巨舰上的统军将领得令，遂命各自舰上的拍竿撤去竿衣，装填上面盆大小的石块，待敌军青龙战船进入射程，则齐声呐喊一声：“放”。
但见近百块巨石齐刷刷地从隋军五牙巨舰船舷两侧安装着的高达数十丈高的拍竿中抛射而出，在江面上画了道长长的弧线，直砸向斜刺里驶来的数百只青龙战船。
青龙战船上的南陈水军将士还没等看清对隋军五牙巨舰上抛射出来的是什么东西，耳畔间就听到脚下发出“呯”地一声巨响，紧接着就听甲板上有同伴惊叫道：“甲板被砸出了个大窟窿，战船要沉了。”话音未落，又一块巨石砸中了这只青龙战船，船上的南陈将士连跳船逃生的机会都没有，便一起随船沉入了江中。
一连几轮拍竿进攻过后，戚昕率领的数百只青龙战船有多一半丧失了战斗力，不是战船被拍竿抛射来的巨石击中击沉，就是战船上的将佐被对方五牙巨舰上不断抛射来的巨石吓破了胆，不待主将下令，就命水手掉转船头，撤出了战场。
同时，戚昕派去切断隋军先锋和主力联络的那一支船队虽没有受到五牙巨舰上的拍竿抛石进攻，却陷入到了数千只黄龙战舰的包围圈中，未及向隋军主力发起进攻，就沦落到了四散撤退的境地之中。
戚昕心知自己率军一败于狼尾滩，二败于歧亭江上，即便活着逃回建康，也难保不会被处死，眼瞅着自己率领出征的数百只战船在对方四只五牙巨舰猛烈的拍竿攻势下连还手之力都没有，便被打得溃不成军，败势尽显，不由得仰面长叹一声，拔出腰间佩剑，就欲自尽。
结果，被几名亲兵死命拦下，苦苦哀求他识时务者为俊杰，向隋军投降。戚昕左思右想，再无别的路可走，遂撒手扔剑，向杨素投降了。
杨素率领隋军主力舰队，全歼了歧亭南陈水军，收降了南陈水军大将戚昕，贯通了大江上中游的水道，歧亭守将吕仲肃闻报后，主动放弃了歧亭，走陆路一路逃回了荆门。
杨素率领隋朝西路伐陈大军，接连突破狼尾滩、歧亭两道防线，进入大江中游的消息迅速传回了南陈帝都建康。
陈叔宝正在孔范的极力窜掇下，在建康城外盛集水陆三军，召开誓师大会，准备与隋朝大军决一死战，乍闻杨素大军接连战败南陈号称天下第一的