招降叛变，随后安纳托立亚部队并部分土耳其亲卫队近2万人也不支投降，土军士气大跌，一下子少了将近4万部队，要凭3万军队抵挡帖木儿10万以上的部队，地利又失，胜算全无，终于一溃千里。薄暮时分，苏丹巴耶塞特力屈被俘，雷神战鼓绝响。
帖木儿只是想恢复他的藩属领地，并没有过分消弱奥斯曼帝国，他把土耳其的旧领地平均分给了巴耶塞特的四个儿子们，至于巴耶塞特本人，有些当时的报告指出帖木尔将巴耶塞特拘禁于监牢内，作为战利品看待。
同样地，关于巴耶塞特牢狱生涯的故事有很多，包括有一个故事描述帖木尔将巴耶塞特当作脚凳使用。另一篇文章更描述帖木尔要巴耶塞特的塞尔维亚妻子于他的朝臣面前裸体地跳舞。但是，这些描述都被认为是不真实的，帖木尔的朝臣写到巴耶塞特受到极佳的照料，帖木尔甚至为巴耶塞特的死而哀痛万分。
因为他毕竟是一位对异教作战胜利的英雄。但一年后巴耶塞特逝世，高傲的雷神不需要别人的怜悯和施舍，他的灵魂早就在安卡拉那一天回到战神殿了。
而另外一种说法是，在安卡拉之战当中，巴耶塞特带来的军队是从他所征服的各族中征集的。但是，尽管塞尔维亚人和他们的王斯提芬仍忠实于他，但艾登、门泰斯、萨鲁汉和克米安的突厥人，对帖木儿十分钦佩，他们看到他们的王公们都在帖木儿军中，于是倒戈。
帖木儿似乎充分利用了从印度带来的战象。作为一万名奥斯曼近卫军（雅内萨里）和塞尔维亚兵之首的巴耶塞特战斗了一整天，直到看见他的卫队被歼灭后，在日落时才撤退。但是，因他的马蹶，他和他的一个儿子一起被俘。
帖木儿对巴耶塞特很优待。然而，巴耶塞特试图逃跑，因此，被关在四周有铁栏的轿中随军而行，这就是后来被夸张成“铁笼”的故事。巴耶塞特遭此挫折和屈辱，几个月后去世（于1403年3月9日死于阿克谢希尔）。
一旦奥斯曼军队被打败和苏丹被俘，对帕木儿来说征服西安纳托利亚只不过是一次旅途行军而已。他下令在屈塔希亚停止进军，由前锋军全速进军去掠夺奥斯曼都城布鲁萨。伊本?阿拉不沙和歇里甫丁描述这些征服者们的行为像一群野蛮的游牧民，他们放火烧了这座可爱的城市。帖木儿之孙阿布?巴克尔一直冲到尼西亚，正像歇里甫丁津津乐道的那样，他们“到处烧杀掳掠”。帖木儿本人继续去围攻上麦那，该城当时属于罗德的骑士们。帖木儿在发起进攻之前，规劝该城长官纪尧姆?蒙特改宗******教。自然，纪尧姆?蒙特愤然拒绝。
《武功记》说，对该城的围攻是从1402年12月2日开始，两个星期后才结束，该城是经过猛攻后陷落的。除了少数骑士乘基督教的船逃走外，居民遭到大屠杀。《武功记》认为基督教境内的这次胜利有着重要的意义。它为帖木儿向狂热的******们作了辩护。士麦那城的攻占，以及随之而来的大屠杀使安卡拉之战（在事后）变成了一次圣战。
“奥斯曼苏丹曾徒劳地围攻士麦那城达七年，帖木儿仅仅两个星期就攻占了！……******们赞美神，进入该城，并把敌人的头颅奉献给神灵，以示感谢。”接着，帖木儿军前往围攻突厥-意大利人的重要商业中心福西亚，该城及时纳贡自赎。******贸易公司“马霍恩”，它还拥有对岸的希俄斯岛，也向帖木儿表示效忠，而拜占庭摄政者约翰七世在帖木儿要他承认他的宗主权时，立刻派使者前往，作为依从的表示。
尽管士麦那城民遭到屠杀，但帖木儿对巴耶塞特的胜利拯救了基督教世界。自从巴耶塞特战胜了尼科堡的十字军以后，被奥斯曼人牢牢封锁的拜占庭人临近末日，拜占庭的覆灭似乎指日可待。奥斯曼人在安卡