若把这些船只摧毁，西班牙的海上力量将很难有恢复的希望，因为那时，英国船队将轻而易举地阻截西班牙的美洲运银船和来自波罗的海的造船物资，腓力二世即使制定了造船计划，也会由于缺乏供应而中止。
无可怀疑，伊丽莎白和她的大臣们认清了这一点。但是，要完成这样一次大规模远征，除了一支庞大的船队外，还需要一支陆军，而对于刚刚结束在英吉利海峡的战争的伊丽莎白女王来说，单凭自己的力量是不可能组织起这样一支队伍的。因此，这次冒险采取了股份制形式，女王负担经费的1/3，其余由这次远征的陆军司令约翰?诺里斯爵士、海军指挥弗朗西斯?德雷克及其朋友和支持者筹集。
这样一来，这次远征的目的复杂化了。在诺克斯和德雷克看来，摧毁无敌舰队的残余已不足挂齿，重要的是攻占里斯本，帮腓力二世的竞争者安东尼奥登上葡萄牙王位。德雷克在1587年的经历中，了解到里斯本对于西班牙海上力量的极端重要性，夺取里斯本对西班牙将是致命的打击。
至于远征投资者中的伦敦和南部商人，战争已使他们失去了许多贸易机会，他们希望在葡萄牙和亚速尔建立贸易商站，或者以此为基地进行私掠巡航。这种形势下，对于伊丽莎白来说，明令取消进攻里斯本的计划几乎是不可能的，所能做的只是向诺里斯和德雷克一再强调摧毁无敌舰队残余的重要性。
在1589年2月23日给诺里斯和德雷克的指示中，有三个目的：一是歼灭在西班牙北部2个港口的无敌舰队残余；二是占领里斯本，扶植葡萄牙安东尼奥反叛；三是占领亚速尔，中断西班牙和美洲的财路。
而其中伊丽莎白明确强调这次远征只有两个根本性目的:“其一是摧毁西班牙国王的船只，其二是占领亚速尔群岛中的一些岛屿，以便阻截途经这里每年去往或来自西、东印度的运送财宝船队。”在干任何其它事情之前，诺里斯和德雷克必须“首先摧毁在吉普斯夸、比斯开和其它任何地方的船只，不论它们属于西班牙国王还是他的臣民……这一点做到了，你们在他的领土上进行冒险活动的时候，他们就无以阻止你们了;并且，如果你们的船只完好无损，他们也许就不敢(鉴于你们率领的我们王国的如此庞大的船只和水兵队伍在他们海岸)乘你们不在之机企图进攻我们的王国和我们的爱尔兰土地了。”
从“你们在他的领土上进行冒险活动的时候”这句话看出，女王并没有禁止进攻里斯本，但是，她明确指示其前提条件是摧毁西班牙船只。这足以说明她的战略意识。
可以说，对于1589年的远征，伊丽莎白的战略意识是非常明确的。但是，一来到海上，指挥官们便自行其是了。
德雷克和诺里斯按照唐?安东尼奥关于恢复葡萄牙独立的主张，决定进攻无敌舰队基地里斯本。。攻占里斯本不仅可以获得巨额的奖金，而且葡萄牙独立后，封锁住通往大西洋的航路，就可以卡主腓力二世的喉咙。
德雷克舰队只有1500名将校和志愿参加远征的上流社会人士，以及大约4000名士兵，在攻占拉科鲁尼亚战役中伤亡和患病的士兵很多。如果葡萄牙人真能西区上次战役的经验，响应安东尼奥的号召，揭竿而起，志愿英格兰军队的话，就能轻而易举地把西班牙占领军赶出葡萄牙。
因此，德雷克和诺里斯决定避开守备坚固、警戒森严的特茹河口，在距离河口约90公里、濒临大西洋的港口佩妮谢登陆。
罗杰威廉斯和埃塞克斯率领登陆部队占领佩尼谢后，安东尼奥和诺里斯立即随主力部队登陆，开始向里斯本挺进。德列可则率领舰队南下开往里斯本海域，包围了里斯本不足26公里的卡斯凯什。这样一来，腹背受敌的里斯本市内立即陷入乱