相传，为后世道教丹鼎派的建立奠定了理论基础。
但是《周易参同契》关于炼药方面的内容不多：
金丹刀圭章第十四：
以金为堤防，水入乃优游。金计有十五，水数亦如之。临炉定铢两，五分水有余。二者以为真，金重如本初。其三遂不入，火二与之俱。三物相含受，变化状有神。下有太阳炁，伏蒸须臾间。先液而后凝，号曰黄□焉。岁月将欲讫，毁惟伤寿年。形体如灰土，状若明窗尘。擣治并合之，持入赤色门。固塞其际会，务令至完坚。炎火张于下，昼夜声正勤。始文使可修，终意武乃陈。候视加谨慎，审察调寒温。周旋十二节，节尽更须亲。炁索命将绝，休死亡魄魂。色转更为紫，赫然成还丹。粉提以一丸，刀圭最为神。
四者混沌章第二十八：
丹砂木精，得金乃并，金水合处，木火为侣。四者混沌，列为龙虎，龙阳数奇，虎阴数偶。肝青为父，肺白为母，肾黑为子，离赤为女，脾黄为祖，子午为始。三物一家，都归戊己。
鼎器妙用章第三十三：
圆三五，寸一分，口四八，两寸唇，长尺二，厚薄均。腹齐三，坐垂温。阴在上，阳下奔。首尾武，中间文。始七十，终三旬，三百六，善调均。阴火白，黄芽铅。两七聚，辅翼人。赡理脑，定玄升。子处中，得安存？来去游，不出门。渐成大，性情纯。却归一，还本原。善爱敬，如君臣。至一周，甚辛勤。密防护，莫迷昏。途路远，复幽玄。若达此，会乾坤。乃圭沾，净魄魂。得长生，居仙村。乐道者，寻其根。审五行，定铢分。谛思之，不须论。深藏守，莫传文。御白鹤，驾龙鳞，游太虚，谒仙君，录天图，号真人。
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而有可能在《周易参同契》的一些影响下，魏晋时期最终出现了一款著名的“毒丹”——五石散。
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五石散又称为寒食散，其药方托始于汉人，由魏人何晏首先服用。关于寒食散中的“五石”，葛洪所述为“丹砂、雄黄、白矾、曾青、慈石也”，隋代名医巢元方则认为是“钟乳、硫黄、白石英、紫石英、赤石”。
尽管“五石”配方各不相同，但其药性皆燥热绘烈，服后使人全身发热，并产生一种迷惑人心的短期效应，实际上是一种慢性中毒。传说何晏耽声好色，服了五石散后，顿觉神明开朗，体力增强。在他的带动下，五石散广为流传。然而，许多长期服食者都因中毒而丧命，唐代孙思邈呼吁世人“遇此方，即须焚之，勿久留也”。
五石散的毒性描述如下：
“人进食多是一候;气下颜色和悦，是二候;头面身痒搔，是三候；策策恶风，是四候；厌厌欲寐，是五候也“。长期服用，则会出现“舌缩入喉，痈疮陷背，脊肉烂溃，头痛欲裂，腰痛欲折，腹胀欲决甚者断衣带，心痛如刺，百节酸疼，咽中痛，鼻塞清涕出，膈上大满欲吐，温温欲吐”等一系列严重中毒现象，甚至死亡。
现代的医学史著作一般都认为五石散是由石钟乳、硫磺、白石英、紫石英及赤石脂组成但这5种药都没有明显的毒性，服之亦不会产生古籍中所记载那样大的毒害作用。
后世考证：“五石散其毒性在于《侯氏黑散方》中的“矾石”是“礜石”之误。二者形近易混，古书多混用之例；礜石含砷，所谓服散乃慢性砷中毒；孙氏痛其杀人，把礜石换成石硫黄，始以无毒之方传世。”
即使是人人都知道五石散有毒，但是，曾使无数名士沉沦的五石散，并没有随之消亡，服食“五石散”的风气，由魏晋至唐中期，名士们趋之若鹜，整整五六百年，未有间断，且