随着政治制度的改制，军队也进行了改制。
为了更好的统帅三军，同时对突发状况做出迅速反应，成功正式下达了对郑家军的整改。
新设国防部，隶属于内阁，是内阁领导和管理国防建设事业的部门。新法规定军队的调动以及战争状态必须由内阁决定，内阁总理签署。
国防部是最高军事行政机关，负责国防建设，传达作战命令，具体有关作战指挥事宜由军区最高指挥官实施；
国防部主要机构由海军指挥部、陆军总部、后勤部构成。
洪旭任上将军衔，担当国防部长，管理国防部的日常工作。
林习山任上将军衔，担任海军总司令。
姚启圣任中将军衔，担任总参谋长。
设立三个军区，一是南京军区，二是江淮军区，三是安庆军区。三个军区都直接受国防部管辖。
南京军区总司令暂由国防部部长洪旭担任，司令部驻南京，南京军区下辖3个集团陆军，即第1、第2、第3集团军。
万礼任少将军衔，担任第一集团军的军长，辖步兵第1师、第2师、第3师，编入炮兵一旅。
姚国泰任少将军衔，担任第二集团军的军长，辖骑兵第1旅、第2旅、第3旅。
黄庭任少将军衔，担任第三集团军的军长，辖步兵第4师、第5师、第6师，编入炮兵一旅。
任命甘辉中将军衔，担任江淮军区总司令。
司令部驻淮安，江淮军区下辖3个集团陆军，即第4、第5、第6集团军。
杨才任少将军衔，担任第四集团军的军长，辖步兵第10师、第11师、第12师，编入炮兵四旅。
余宽任少将军衔，担任第五集团军的军长，辖步兵第13师、第14师、第15师，编入炮兵五旅。
周全斌任少将军衔，担任第六集团军的军长，辖步兵第16师、第17师、第19师，编入炮兵五旅。
任命赫文兴中将军衔，担任安庆军区总司令，司令部驻安庆，安寝军区下辖3个集团陆军，即第7、第8、第9集团军。
黄山任少将军衔，担任第七集团军的军长，辖步兵第19师、第20师、第21师，编入炮兵七旅。
何明任少将军衔，担任第八集团军的军长，辖步兵第22师、第23师、第24师，编入炮兵八旅。
郭廷任少将军衔，担任第九集团军的军长，辖步兵第25师、第26师、第27师，编入炮兵九旅。
陆军当中一个师大致上时由三到五个团组成，一个团有三个营，一个营有三个连，一个连有三个排，一个排有三个班，一个班由十个人组成。
再加上指导员、隶属于师后勤处的炊事班，隶属于师侦察处的特种侦察连、火炮支援营等，一个师大概是一万兵马，一个集团军大概是三万兵马。
军区中兵马总数大概是9万人。
伴随着陆军的整改，同时进行的还有水师。
郑家水师正式改名为海军，海军总部设在南京。其主要任务是独立或协同陆军防御敌人从海上的入侵，保卫领海主权，维护海洋权益。
林习山担任海军总司令，黄梧担任海军副司令。
海军下统北洋、东海、南洋三支舰队。
北洋舰队的司令部设于江苏省的南京，下辖舟山基地、崇明基地、连云港基地。北洋舰队负责黄海、渤海的防务，主要任务就是守卫江浙的海上门户。
林习山担任北洋舰队的总司令，北洋舰队现有的作战战舰有五艘前将军级风帆战舰，十六艘闸船级