朱由校记得历史上提到，明末西洋传教士在中国活动，尤其以利玛窦、汤若望等人最为著名。记得他们给当时的中国带来新的地理和当时欧洲兴起的天文历法等知识，具体剧情他并没有多少了解。听到徐光启和沈纮就南京教案争论起来后，他倒是真的想知道南京教案是怎么回事了。他就示意让徐光启讲下去。
“利玛窦等进入我朝之后，开始进行传教。行为与道佛两家并没有什么不同，一样都是劝世人向善。当然也尊重我朝的风俗习惯，对我朝祭祖敬孔圣人并不反对，这就是利玛窦规矩。一直执行的很好，耶稣会修士之前在京城也有过活动，对我们修订历法和制造火器大炮提供过帮助。利玛窦就埋在了北京，这也是当时朝廷同意的。”徐光启看皇上想听，就开始详细叙说起来。如果得到皇上的支持说不定可以为南京教案平反。
朱由校对徐光启说这些并不陌生，这些他在穿越前的历史课本上都有学到过。这些应该是南京教案发生之前的事情，看来应该发生了事情，才导致了南京教案的发生。沈纮想打断插话，朱由校示意徐光启继续说下去。
“利玛窦死后，耶稣会出现了分歧，个别修士如龙华民等在南京有过激言行。当时就在南京为官的沈大人就一连上了三道奏折，对耶稣会修士进行全面否定，最终出现了南京教案，最后朝廷把所有的耶稣会修士全面驱逐到澳门。臣同样认为龙华民等个别的行为是极其错误的，对我朝的大不敬。但是像龙华民这样有过激言行的只是耶稣会极少数几个人，其他人还是都遵从利玛窦规矩的。所以臣认为不能因为龙华民极个别少数几个人就把整个耶稣会传教士都否定了。”徐光启仔细回顾了南京教案后并表达了自己的观点。
朱由校对此事并不了解，虽然他对西洋传教士带来科技知识很是欢迎。但是他同样也知道这些人是传教士而非科学家，这些来中国的根本目的还是为了传教，后世清末民国西洋传教士也在中国为非作歹过。所谓兼听则明偏信则暗，朱由校等徐光启说完后就示意沈纮说。
沈纮听到徐光启说起南京教案的情况后早想反驳了，毕竟他是南京教案的始作俑者。之前他想说被皇上阻止，现在得到皇上的示意后，颇为激动的说到：“徐侍郎当然要替这些西方传教士辩解，当初徐侍郎就和他们走的很近，据说徐侍郎还成为他们的教徒。当初在南京，龙华民等人的确蛊惑老百姓不得敬孔圣人和祭祀祖先，毁坏我朝的传统，简直就是大逆不道。”
“是有个别人有大逆不道的行为，是应该给予惩罚，但是也不能把所有人都惩罚了。眼下，我朝辽东军情吃紧，红夷大炮制造和购买耶稣会修士都可以帮上忙，现在历法误差不小，耶稣会修士能提供帮助，让历法更准确，为什么不让他们进京？”徐光启看沈纮抓住龙华民这些的过激行为不放，觉得平凡南京教案估计很难。于是他不再在南京教案上纠缠，直接提出重新允许西洋教士重新入京眼下更为实际更为重要的事情。
沈纮看皇上快要被徐光启说服了，马上进一步说到：“徐光启用西洋制定历法的方法来修改我朝历法，有违我华夏一直以来以尧舜制定历法之传统，于礼不合。”沈纮知道，在传教士帮助制造购买红夷大炮这个问题，不好反对。毕竟自从萨尔浒之败到现在三年时间里，军情一直吃紧，于是他故意对这个问题避而不谈。而是集中反对让传教士帮助修订历法这件事上，并开始就搬出上古的尧舜为自己站脚助威。
他开了个头，把问题最后上升到传统、祖宗之法、礼仪上。很多之前对南京教案等具体问题不熟悉不好发表意见的浙党之人，史继偕、朱国祚也发表意见，支持沈纮批评徐光启。三个内阁大臣一起批驳徐光启，徐光启顿时就显得势单力孤了。
朱由校也有点心急